Зоолог и биогеограф, последователь
А.Н. Формозова (похоронен на Новодевичьем кладбище в Москве). Труды посвящены вопросам общей и региональной зоогеографии, биологии хищных млекопитающих, проблемам заповедного дела (опубликовано 6 монографий и более 100 статей).
В 90-е годы Е.Н. Матюшкин возглавил коллектив по разработке "Стратегии сохранения амурского тигра в России", по его инициативе зимой 1995-1996 года проведен полный учёт тигра на территории России. Был членом редколлегии (а с 1981 года заместителем главного редактора) научного журнала "Бюллетень МОИП, отдел биологический". Многие годы сотрудничал в Комиссии по заповедному делу РАН. Скончался в 2003 году, похоронен в Москве на Головинском кладбище (19 уч.).